WikiWiki on enimmäkseen hyvin löyhästi järjestetty. Tämä kuuluu sen olemukseen: wiki ei ole tietynrakenteinen, koherentti kokonaisuus, kuten useimmat sivustot, vaan kasa toisiinsa löyhästi liittyviä asioita ja niiden välisiä suhteita. Ennen kaikkea, wikissä ei ole "pääsivuja" ja niille "alisteisia" sivuja, vaan jokaiselta sivulta pääsee linkkejä pitkin toisille, siihen liittyville sivuille. Jos haluaa tehdä jonkinlaisen pääsivun, sen voi tehdä ihan rauhassa: perustaa vain uuden sivun ja panee sinne haluamansa sisällön. (Esimerkiksi nettipäiväkirja ei ole mitenkään erityinen sivu, siihen vain linkitetään suoraan kotisivultani.)
Wiki on suunniteltu vuorovaikutteiseksi, siten, että kaikilla sen lukijoilla on myös mahdollisuus muokata sivujen sisältöä ja siten osaltaan parantaa wikiä. Wikin sisältö onkin hyvä nähdä yhteisenä omaisuutena, vaikka usein mielipide-erojen ja muun selvittelyksi onkin hyvä merkitä, kenen ajatus mikin on.
Kaikki wikin käyttötavat, kuten sisällön kommentointi ja jaottelu, onnistuvat muokkaamalla sivuja. Kommentti on yksinkertaisesti (signeerattua) tekstiä, joka lisätään sivulle, ja sisältöä uudelleenjärjestellään leikkaamalla ja liimaamalla sitä sivujen välillä.
Wikin peruskäyttö on linkkejä pitkin ympäriinsä liikkumista. Jokaisen linkin teksti vastaa suunnilleen sen kohdesivun aihetta. Niin linkistä tietää suoraan, mitä sen kohdesivu käsittelee.
Wikin järjestelemiseen eri tavoin on monia avukkeita; suurin osa niistä on joka sivun oikeassa yläkulmassa olevan toiminnot-linkin takana. Linkkien seurailun lisäksi wikin voi käydä kokonaan läpi, mihin auttaa sivujen etsintä ja sivulista etsimissivulla. Wikistä voi myös seurata vain sen tuoretta aktiviteettia, missä auttaa viime muutokset -sivu ja siltä löytyvä RSS-syöte.
Wikin rakennetta voi myös tutkia eri näkökulmista, joihin auttavat puuttuvat sivut, jaottelu aiheittain sekä käänteislinkit. Sivun X "käänteislinkit" tarkoittavat linkkejä niille sivuille, joilta on linkki sivulle X. Jokaisen sivun käänteislinkit löytyvät sivun toiminnoista.
Kuten sanottu, kaikki wikin sisältö on muutettavissa. Perusmuutokset (kuten jonkin tekstin vaihtaminen toiseksi) tehdään siten, että valitaan sivun toiminnoista "muokkaa", jolloin aukeaa tekstinäkymä sivun sisältöön. Tätä tekstiä muokataan itselle mieleiseksi ja lopulta klikataan "vie muutokset sivuun", jolloin tehdyt muutokset tallettuvat ja sivulla on uusi sisältö. Katso toivottu ja ei-toivottu sisältö.
Myös kaikenlainen sivuston metadata säilötään sivujen sisältönä. Jos esimerkiksi haluat muistilistan sinua kiinnostavista sivuista, voit perustaa uuden sivun, jonka sisältönä on lista linkkejä kyseisille sivuille. (Listojen ja linkkien kirjoittamisesta sivuille kertovat lisää tekstimuotoilut ja vapaamuotoiset linkit.)
Sivun voi perustaa siirtymällä sivulle, jota ei ole vielä olemassa, ja muokkaamalla sitä. Kun sivu talletetaan ensimmäisen kerran, se syntyy. Jokaisen ei-anonyymin osallistujan on hyvä tehdä ainakin yksi sivu, oma nimimerkkisivunsa (katso nimien käyttämisestä). Voit siirtyä minkä tahansa nimiselle sivulle kirjoittamalla haluamasi sivun nimen tähän:
Kommentointiin ja luokitteluun on omat käytäntönsä. Kommentti kirjoitetaan siten, että alkuun tulee linkki omalle nimimerkkisivulle, sitten kaksoispiste, välilyönti ja kommentin varsinainen teksti. Sivu luokitellaan siten, että sille lisätään jokin tekstinpätkä (esim. "kirjoitusaika: 2007"). Tällä tavoin luokitellut sivut voi löytää myöhemmin tekemällä sisältöhaun etsi-sivulta tai niistä voi saada listan haluamansa sivun sisältöön kirjoittamalla sisältöön "koodi" [[ReverseLinks kirjoitusaika: 2007]]. Kategoriat (esimerkiksi kategoria: ihminen) on toteutettu kaikki tällä tekniikalla.
Pikalinkit: